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Como posso extrair subdocumentos de uma matriz?


É em situações como essa que você usa o posicional $ operador de atualização. Uma coisa a notar é que o campo array deve aparecer como parte do documento de consulta. Isso é o que explica o uso de $exists aqui.
db.collection.update(
    { "id": "8888",  "aloh.saludo": { "$exists": true } }, 
    { "$pull": { "aloh.$.saludo": { "qwe": "rty", "sad": "fet" } } }
)