É em situações como essa que você usa o posicional
$
operador de atualização. Uma coisa a notar é que o campo array deve aparecer como parte do documento de consulta. Isso é o que explica o uso de $exists
aqui. db.collection.update(
{ "id": "8888", "aloh.saludo": { "$exists": true } },
{ "$pull": { "aloh.$.saludo": { "qwe": "rty", "sad": "fet" } } }
)