Desserializando tipos polimórficos com o driver MongoDB C#

Por que você tem o mesmo "Id ObjectId público"; em cada classe derivada? Não é uma boa ideia. Ele oculta o campo Id pai.

Para resolver seu problema, você precisa "registrar" suas classes derivadas (como em qualquer mecanismo de serialização/desserialização). Existem 3 maneiras de fazer isso:

Maneira declarativa - decorar a classe base do Node com:
```
[BsonKnownTypes(typeof(PlotNode), typeof(EndNode))]
```

Maneira genérica - quando os tipos são conhecidos em tempo de compilação:

BsonClassMap.RegisterClassMap<PlotNode>();
BsonClassMap.RegisterClassMap<EndNode>();

Maneira dinâmica - quando os tipos são desconhecidos em tempo de compilação:

BsonClassMap.LookupClassMap(typeof(PlotNode));
BsonClassMap.LookupClassMap(typeof(EndNode));

Outra sugestão - use LINQ em vez de Query

Node node = collection.AsQueryable().FirstOrDefault(n => n.Id == id);