Duas possibilidades aqui:
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Como você não tem um identificador exclusivo para os comentários, a única maneira de atualizar um item específico na matriz de comentários é indicar explicitamente o índice que você está atualizando, assim:
db.documents.update( { _id: "iL9hL2hLauoSimtkM"}, { $push: { "comments.0.likes": "userID3" }} );
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Se você adicionar um identificador exclusivo para os comentários, poderá pesquisá-lo e atualizar o item correspondente, sem se preocupar com o índice:
db.documents.update( { _id: "iL9hL2hLauoSimtkM", "comments._id": "id1"}, { $push: { "comments.$.likes": "userID3" }} );