Você precisa chamar mongoose.disconnect() para fechar a conexão, mas você também precisa esperar até que todos os save as chamadas concluíram seu trabalho assíncrono (ou seja, chamaram seu retorno de chamada) antes de fazer isso.

Portanto, mantenha uma contagem simples de quantos ainda estão pendentes para acompanhar ou use uma estrutura de controle de fluxo como async para fazer algo um pouco mais elegante.