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Mongoose puxa ObjectId da matriz


Você precisa definir explicitamente os tipos em sua definição de esquema, ou seja, 
groups: [{ type: Schema.Types.ObjectId, ref: 'Group' }], 
linkedUsers: [{ type: Schema.Types.ObjectId, ref: 'User' }]

e então use qualquer um 
User.findOneAndUpdate( 
    { _id: fromUserId }, 
    { $pullAll: { linkedUsers: [idToDelete] } }, 
    { new: true }, 
    function(err, data) {} 
);

ou 
User.findByIdAndUpdate(fromUserId, 
    { $pullAll: { linkedUsers: [idToDelete] } }, 
    { new: true }, 
    function(err, data) {} 
);