Você pode usar a projeção MongoDB, ou seja,
$project operadores de pipeline de estrutura de agregação também. (maneira recomendada). Se você não quiser usar project verifique este link
db.collection.aggregation([{$project{ . . }}]);
Abaixo está o exemplo para o seu caso:
db.collectionName.aggregate
([
{ $project: { a: 1, 'b': '$subdoc.b', 'c': '$subdoc.c'} }
]);
Dá-lhe a saída como você esperava, ou seja,
{
"a" : 1,
"b" : 2,
"c" : 3
}
