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Como proteger o campo de senha no Mongoose/MongoDB para que ele não retorne em uma consulta quando eu preencher as coleções?


Você pode alterar o comportamento padrão no nível de definição do esquema usando o select atributo do campo:
password: { type: String, select: false }

Então você pode puxá-lo conforme necessário em find e populate chamadas via seleção de campo como '+password' . Por exemplo:
Users.findOne({_id: id}).select('+password').exec(...);