Se você não quiser iterar, tente
FBFriendModel.find({ id:333 }).remove( callback );
ou
FBFriendModel.find({ id:333 }).remove().exec();
mongoose.model.find retorna uma Query, que tem um remove função. Atualização para Mongoose v5.5.3 -
remove() agora está obsoleto. Use deleteOne() , deleteMany() ou findOneAndDelete() instead. 
