Você pode usar um $where. Esteja ciente de que será bastante lento (tem que executar código Javascript em todos os registros), então combine com consultas indexadas, se puder.
db.T.find( { $where: function() { return this.Grade1 > this.Grade2 } } );
ou mais compacto:
db.T.find( { $where : "this.Grade1 > this.Grade2" } );
UPD para mongodb v.3.6+
você pode usar
$expr conforme descrito na resposta recente 
