Eu tive o mesmo problema hoje e sempre quando estava chamando
getSubString ou getCharacterStream eu tive o erro de conexão fechada. Resolvi com anotação e removi o tipo Clob:
@Column(name = "CL_JSON_OUT", nullable = false)
private Clob jsonOut;
para:
@Lob
@Column(name = "CL_JSON_OUT", nullable = false)
private String jsonOut;
Esta postagem me ajudou