Você pode encontrar aqui a documentação do SQLAlchemy que discute isso. O Oracle não possui recurso de incremento automático e depende da sequência para imitar o comportamento.
Então, sua coluna id deve ficar assim:
id_seq = Sequence('id_seq')
id = db.Column(db.Integer, id_seq,
server_default=id_seq.next_value(), primary_key=True)
