É possível. Você não deve codificar o ? em seu xml MyBatis. MyBatis tem linguagem especial para sql dinâmico, sugiro ler o Guia do usuário do MyBatis 3 .
Altere seu mapa sql,
<select id="select" parameterType="String" resultMap="urlList">
select
x.t002_id
from
t002_metadata x
where
existsNode(x.t002_xml, #{id}) = 1;
</select>
Pode não ser #{id}, depende de como você chama select de Mybatis. Por exemplo, você pode estar usando a tag @Param.
