Seu código deve ficar assim:
l_sql := 'UPDATE '||l_prefix||'CRS_CUSTOMERS SET CUSTOMER_SOURCE_REF_ID = :REF_ID';
EXECUTE IMMEDIATE l_sql USING i.CUSTOMER_REF_ID, i.CUSTOMER_ID;
dbms_output.put_line('Updated ' || SQL%ROWCOUNT || ' rows');
No entanto, não funcionará porque você especificou apenas uma variável de ligação (
:REF_ID ), mas você forneceu dois valores (i.CUSTOMER_REF_ID e i.CUSTOMER_ID ). As variáveis e os valores de ligação devem corresponder. Se
SQL%ROWCOUNT retorna "1", então você atualizou uma linha - verifique sua instrução UPDATE se não estiver satisfeito com isso. 
