java:comp/... não funciona bem com o Hibernate JPA gerenciado por contêiner. O WebSphere Application Server precisa chamar createContainerEntityManagerFactory antes de fazer quase todo o resto no aplicativo porque essa chamada pode registrar um ClassFileTransformer que precisa modificar bytecodes de entidade.

Suas opções são:

1. 
   Remova o uso de java:comp/... e use um nome JNDI do namespace do servidor (por exemplo, jdbc/myds ).
   
2. 
   Desative o JPA gerenciado por contêiner para o aplicativo conforme descrito em APAR PM26361 . (Este APAR descreve problemas de desempenho causados ​​pela chamada para createContainerEntityManagerFactory durante a inicialização do aplicativo, mas a propriedade também pode ser usada para evitar esse problema.) Obviamente, desabilitar o JPA gerenciado por contêiner significa que você não pode mais usar @PersistenceUnit /@PersistenceContext anotações ou / .