Você pode simplesmente adicionar
WHERE cláusula para UPDATE . Mais sobre isso nos documentos oracle.
Então no seu caso deve ficar assim:
...
WHEN MATCHED
THEN
UPDATE
SET tgt.column3= src.column3,
tgt.column4 = src.coulmn4
WHERE tgt.column3 IN (val1, val2)
WHEN NOT MATCHED
...
