Você não pode usar um parâmetro em uma consulta como essa. Sem entrar na lógica por trás disso, sua melhor opção é concatenar a string de consulta antes de criar uma consulta
String queryString = "select COUNT(tl.LOG_ID) AS EVTCOUNT,tl.PRIORITY FROM Customer_" + custId + " tl Where tl.DEVICE_REPORTED_TIME >= SysDate-90 GROUP BY tl.PRIORITY ORDER BY tl.PRIORITY";
Query query = session.createSQLQuery(queryString);
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Quanto a NamedQueries, eles são compilados quando o aplicativo é iniciado, então não acho que haja uma maneira de alterar a entidade de destino (tabela) em tempo de execução.
