Revise esta resposta . Independentemente do fato de ser focado no SQL Developer, ele contém informações sobre como ajustar o driver JDBC e mostra como lidar adequadamente com tipos de caracteres unicode no Oracle.

Atualizar
Problemas com a exibição de caracteres no cliente podem ser causados ​​por NLS_LANG errado configurações no cliente de banco de dados (Tomcat no seu caso). Para o valor NLS_LANG do driver JDBC fino derivado das configurações de localidade java.
Para possíveis variantes, você pode consultar as respostas em esta pergunta e verifique a documentação do Oracle .
Se uma fonte real do problema está no conjunto de caracteres da conexão do banco de dados Oracle, então há apenas dois pontos finais possíveis para verificar:NLS_LANG e oracle.jdbc.defaultNChar . Portanto, você precisa examinar se ambos estão configurados corretamente para descobrir o que aconteceu.