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Posso instalar o JDK 1.6 sobre o JDK 1.3 padrão do banco de dados Oracle?


Você não pode alterar a versão da JVM que é executada dentro do banco de dados (ou seja, a versão da JVM que seria usada para procedimentos armazenados Java).

A versão do JDK que você vê no sistema de arquivos em C:\oracle\oraclehome\jdk não é a mesma versão da JVM interna. O JDK que você vê no sistema de arquivos está lá apenas para executar as várias GUIs externas baseadas em Java que vêm com o Oracle (começando com o Oracle Universal Installer e incluindo coisas como o Database Configuration Assistant (DBCA)). Embora você pudesse, do ponto de vista técnico, sobrescrever essa instalação, isso não afetaria a JVM usada para procedimentos armazenados Java.