all_objects mostra apenas os objetos nos quais você tem permissões, nem todos os objetos no banco de dados. Você precisaria consultar dba_objects para ver tudo, se você tiver permissão para fazer isso.

public_dependency parece incluir IDs de objetos para os quais você não tem permissões. Os IDs de objetos por si só não dizem muito, então não está revelando nada sobre objetos que você não pode ver (além de que existem alguns objetos que você não pode ver).

Portanto, não é estranho que haja uma aparente discrepância entre o que as duas visões fazem referência. Consultando all_dependencies pode dar-lhe uma imagem mais consistente.