Resolvi isso criando sequências manualmente como parte do meu script de teste. Não é ideal, pois eu preferiria que a combinação Spring/HSQL configurasse isso. Meu código é:
for (String sequence : sequences) {
entityManager.createNativeQuery("DROP SEQUENCE " + sequence + " IF EXISTS").executeUpdate();
entityManager.createNativeQuery("CREATE SEQUENCE " + sequence + " as INTEGER").executeUpdate();
}
onde sequências é uma lista de strings que são o nome da sequência.
Eu usei este é o método @BeforeClass para cada classe de teste. Não é o ideal, mas resolve o problema
