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Manipulando coleções


Pelo menos você perdeu uma definição de tabela no segundo caso. Esta afirmação:
create or replace TYPE tbl_list2 IS OBJECT (l_owner  VARCHAR2(64),l_name  VARCHAR2(64));

declara apenas o tipo de objeto (ou registro), não uma tabela.

Então você precisa fazer isso em 2 etapas:
create or replace TYPE tbl_list_rec IS OBJECT (l_owner  VARCHAR2(64),l_name  VARCHAR2(64));
/

create or replace TYPE tbl_list2 as table of tbl_list_rec;
/

Depois disso, você precisa de algumas correções de sintaxe no script:
declare
  l_object tbl_list2;
  i        number;
begin
  -- for list initialization it must be filled with constructed objects
  l_object := tbl_list2( tbl_list_rec('','') );

  for i in 1..100000 loop          

    -- 1. select values to variable
    -- 2. Fix constructor for list 
    select 
      l_object MULTISET UNION DISTINCT tbl_list2(tbl_list_rec('myOwner','MyTable'))
    into 
      l_object 
    from 
      dual;

    end loop;

    for i in l_object.first ..  l_object.last loop
      -- output separate fields, there are now default conversion from 
      -- user-defined objects to varchar2.
      dbms_output.put_line(l_object(i).l_owner || ',' || l_object(i).l_name);
    end loop;  

end;
/

ATUALIZAÇÃO


Solução acima relativamente lenta devido ao grande número de trocas de contexto. Mas a comparação de instâncias de tipos de objetos complexos não pode ser feita diretamente em PL/SQL sem algum trabalho adicional.
Para permitir que o Oracle saiba se as instâncias de objetos são iguais ou diferentes, precisamos definir método de mapeamento ou ordenação para tipo de objeto . Ambos os tipos de métodos não são permitidos, portanto, é necessário escolher um método adequado. Os métodos MAP são mais rápidos e não há necessidade de ordenação no nosso caso, então vá em frente:
create or replace TYPE tbl_list_rec2 AS OBJECT (
  l_owner  VARCHAR2(64),
  l_name  VARCHAR2(64),
  map member function get_key return varchar2
);
/

Implementação:
create or replace TYPE BODY tbl_list_rec2 AS 

  map member function get_key return varchar2
  is
  begin
    return l_owner||chr(1)||l_name;
  end;

end;
/

Depois disso, é possível testar objetos para igualdade no código PL/SQL como simples varchar2 no primeiro exemplo da pergunta:
declare
  l_object tbl_list2a;
  i        number; 
begin
  l_object := tbl_list2a( tbl_list_rec2('','') );

  for i in 1..100000 loop          
    l_object := l_object MULTISET UNION DISTINCT tbl_list2a(tbl_list_rec2('myOwner','MyTable'));
  end loop;

  for i in l_object.first..  l_object.last loop
    dbms_output.put_line(l_object(i).l_owner || ',' || l_object(i).l_name);
  end loop;  

end;
/