Você está usando o log4j?
Em caso afirmativo, adicione loggers para sql como abaixo.
log4j.logger.java.sql.Connection=DEBUG
log4j.logger.java.sql.Statement=DEBUG
log4j.logger.java.sql.PreparedStatement=DEBUG
log4j.logger.java.sql.ResultSet=DEBUG
Se você estiver usando uma estrutura ORM como o ibatis, poderá adicionar um registrador adicional como abaixo.
log4j.logger.com.ibatis.sqlmap.engine.impl.SqlMapClientDelegate=DEBUG
