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Ao fazer um MERGE no Oracle SQL, como posso atualizar linhas que não são correspondidas na SOURCE?


Você pode fazer isso com uma instrução UPDATE separada
UPDATE report.TEST target
SET    is Deleted = 'Y'
WHERE  NOT EXISTS (SELECT 1
                   FROM   main.TEST source
                   WHERE  source.ID = target.ID);

Não conheço nenhuma maneira de integrar isso em sua instrução MERGE.