Você deve escrever um loop que execute o SQL em pedaços com 1000 entradas cada.
Alternativamente você pode inserir os valores em uma tabela e então fazer uma subseleção com o
IN cláusula, porque com uma subseleção, a limitação de 1.000 entradas não se aplica. Esse limite é somente quando você usa um SQL com uma string de valor codificada permanentemente. Algo assim:
select *
from mytable t
where t.column1 = value
and t.column2 in
(
select my_values
from my_temp_table
)
