A coluna Y está indexada? Pode ser que definir a coluna como nula signifique que o Oracle precise excluir do índice, em vez de apenas atualizá-lo. Se for esse o caso, você pode descartar e reconstruí-lo após atualizar os dados.

EDITAR:

É apenas a coluna Y que apresenta o problema ou é independente da coluna que está sendo atualizada? Você pode postar a definição da tabela, incluindo restrições?