Estou um pouco surpreso ao ver este documento. É verdade que você não pode definir um array/coleção como segue (e isso é independente do banco de dados/driver JDBC usado):
String sql = "SELECT col FROM tbl WHERE id IN (?)";
statement = connection.prepareStatement(sql);
statement.setArray(1, arrayOfValues); // Fail.
Mas a consulta mencionada no documento deve funcionar. Posso dizer isso por experiência com pelo menos Oracle 10g XE em combinação com
ojdbc14.jar . Suspeito que o autor do documento confundiu as coisas ou realmente se refere a uma versão diferente (mais antiga?) do driver DB e/ou JDBC. O seguinte deve funcionar independentemente do driver JDBC usado (embora você dependa do banco de dados usado quantos itens a cláusula IN pode conter, o Oracle (sim, novamente) tem um limite de cerca de 1000 itens):
private static final String SQL_FIND = "SELECT id, name, value FROM data WHERE id IN (%s)";
public List<Data> find(Set<Long> ids) throws SQLException {
Connection connection = null;
PreparedStatement statement = null;
ResultSet resultSet = null;
List<Data> list = new ArrayList<Data>();
String sql = String.format(SQL_FIND, preparePlaceHolders(ids.size()));
try{
connection = database.getConnection();
statement = connection.prepareStatement(sql);
setValues(statement, ids.toArray());
resultSet = statement.executeQuery();
while (resultSet.next()) {
Data data = new Data();
data.setId(resultSet.getLong("id"));
data.setName(resultSet.getString("name"));
data.setValue(resultSet.getInt("value"));
list.add(data);
}
} finally {
close(connection, statement, resultSet);
}
return list;
}
public static String preparePlaceHolders(int length) {
StringBuilder builder = new StringBuilder();
for (int i = 0; i < length;) {
builder.append("?");
if (++i < length) {
builder.append(",");
}
}
return builder.toString();
}
public static void setValues(PreparedStatement preparedStatement, Object... values) throws SQLException {
for (int i = 0; i < values.length; i++) {
preparedStatement.setObject(i + 1, values[i]);
}
}
Com relação ao
TIMESTAMP pergunta, basta usar PreparedStatement#setTimestamp() . 
