Você pode considerar o uso do Liquibase, que é uma estrutura leve para executar alterações no banco de dados (DDL, DML) de maneira definida. Seu principal objetivo é dar suporte à migração de esquemas de banco de dados.

Os scripts SQL existentes podem ser facilmente convertidos em scripts liquibase simplesmente adicionando alguns comentários contendo palavras-chave liquibase. Veja este exemplo

A única desvantagem em que consigo pensar é que o liquibase usa duas tabelas adicionais para registrar informações sobre as alterações no banco de dados que ele já executou.