Infelizmente, o SQL Developer não respeita totalmente o
set echo off comando que (parece) resolver isso no SQL*Plus. A única solução que encontrei para isso é salvar o que você está fazendo como um script, por exemplo,
test.sql com:set echo off
spool c:\test.csv
select /*csv*/ username, user_id, created from all_users;
spool off;
E então do SQL Developer, só tem uma chamada para esse script:
@test.sql
E execute isso como um script (F5).
Salvar como um arquivo de script não deve ser muito difícil de qualquer maneira para qualquer outra coisa que não seja uma consulta ad hoc; e executando isso com
@ em vez de abrir o script e executá-lo diretamente é apenas um pouco trabalhoso. Um pouco de pesquisa encontrou a mesma solução no fórum do SQL Developer, e a equipe de desenvolvimento sugere que é um comportamento intencional imitar o que o SQL*Plus faz; você precisa executar um script com
@ lá também para ocultar o texto da consulta. 
