Isso geralmente é causado por duplicatas na consulta especificada na cláusula USING. Isso provavelmente significa que TABLE_A é uma tabela pai e o mesmo ROWID é retornado várias vezes.
Você pode resolver o problema rapidamente usando um DISTINCT em sua consulta (na verdade, se 'Y' for um valor constante, você nem precisa colocá-lo na consulta).
Supondo que sua consulta esteja correta (não conheça suas tabelas), você poderia fazer algo assim:
MERGE INTO table_1 a
USING
(SELECT distinct ta.ROWID row_id
FROM table_1 a ,table_2 b ,table_3 c
WHERE a.mbr = c.mbr
AND b.head = c.head
AND b.type_of_action <> '6') src
ON ( a.ROWID = src.row_id )
WHEN MATCHED THEN UPDATE SET in_correct = 'Y';
