Abra seu arquivo InitializeSimpleMembershipAttribute.cs, é onde está a inicialização do banco de dados WebSecurity. Você precisa modificá-lo com o connectionStringName correto. Exemplo:
Mudar
WebSecurity.InitializeDatabaseConnection("DefaultConnection", "UserProfile", "UserId", "UserName", autoCreateTables: true);
para
WebSecurity.InitializeDatabaseConnection("MyRealDBConnection", "UserProfile", "UserId", "UserName", autoCreateTables: true);
SE você quiser copiar a estrutura das tabelas de segurança da web para usar com o Code First, existe um artigo.... que não consigo encontrar no momento... me dê alguns.
Bem, eu não consegui encontrá-lo - mas honestamente - foi uma dor. A maneira mais fácil, já que você já gerou o banco de dados, pode ser usar uma ferramenta de engenharia reversa do Code First como Ferramentas de energia do Entity Framework . Isso fará a maior parte do trabalho para você. Em seguida, basta adicionar as classes ao seu DbContext, criar uma migração e atualizar seu banco de dados real.
Além disso - você pode precisar fazer mais modificações do que isso - dependendo do seu nome de contexto e tal.