Tente usar ISNULL
Tenho certeza de que o motivo é porque quando você compara IS NULL com NULL, o resultado é NULL, portanto, False, por isso está avaliando seu ELSE 1
SELECT c.customerID, o.OrderID, CASE When ISNULL(o.OrderID, 0) = 0 Then 0 Else
1 End as YesNO
FROM Customers c
LEFT JOIN Orders o
ON c.customerID = o.customerID