A razão pela qual não está funcionando é que você está realmente executando duas instruções sequencialmente. Pense no seu código mais como:
DECLARE @ClientID varchar = 'ClientA'
DELETE FROM Global.dto.ClientUsers;
SELECT ClientID, UserID FROM Global.dto.ClientUsers WHERE example@sqldat.com
EXCEPT
SELECT example@sqldat.com, UserID FROM ClientA_DB.dbo.Users;
Se você deseja modificar o
Delete declaração, você precisa segui-la com um Where , Join , etc Para alguns métodos alternativos para obter o resultado desejado, veja as excelentes respostas em:Usando T-SQL EXCEPT com DELETE / Otimizando uma consulta
