Dê uma olhada nas configurações de conexão. Clique com o botão direito do mouse na conexão e selecione Editar conexões para terminar em Gerenciar conexões.

Existe uma guia chamada Perfil do Sistema. Certifique-se de que o caminho para arquivo de configuração aqui está o arquivo ini correto. No seu caso, o caminho deve ser C:\ProgramData\MySQL\MySQL Server 5.5\my.ini