Tente construir com o argumento MSBuild /p:CmdLineInMemoryStorage=true . Isso parece ter corrigido esse mesmo problema para outros que enfrentam esse problema.

Implementei a correção em minha compilação do Azure DevOps Pipeline para um processo de banco de dados que também teve esse erro aleatoriamente e, até agora, parece estar funcionando.

Veja também:

SO question:DB Schema Compare Error :'Armazenamento de versões sem memória'