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Usando SQL Server 2012 LAG


Ok, antes de tudo, adicionei uma linha para mostrar onde a resposta de outra pessoa não funciona, mas ela a excluiu agora.

Agora para a lógica na minha consulta. Você disse que deseja cada linha que esteja a dois minutos de outra linha. Isso significa que você precisa olhar não apenas para trás, mas também para frente com LEAD(). Em sua consulta, você retornou quando o tempo anterior era NULL, então ele simplesmente retornou o primeiro valor de cada OrderNumber, independentemente de estar certo ou errado. Por acaso, os primeiros valores de cada um de seus OrderNumbers precisaram ser retornados até chegar ao último OrderNumber onde ele quebrou. Minha consulta corrige isso e deve funcionar para todos os seus dados.
CREATE TABLE [Order]  
    (
            OrderNumber    VARCHAR(20) NOT NULL
        ,   OrderDateTime   DATETIME NOT NULL
    );

    INSERT [Order] (OrderNumber, OrderDateTime) 
    VALUES
        ('1234', '2012-04-28 09:00:00'),
        ('1234', '2012-04-28 09:01:00'),
        ('1234', '2012-04-28 09:03:00'),
        ('5678', '2012-04-28 09:40:00'),
        ('5678', '2012-04-28 09:42:00'),
        ('5678', '2012-04-28 09:44:00'),
        ('91011', '2012-04-28 10:00:00'),
        ('91011', '2012-04-28 10:25:00'),
        ('91011', '2012-04-28 10:27:00');

with Ordered as (
  select
    OrderNumber,
    OrderDateTime,
    LAG(OrderDateTime,1) over (
      partition by OrderNumber
      order by OrderDateTime
    ) as prev_time,
    LEAD(OrderDateTime,1) over (
      partition by OrderNumber
      order by OrderDateTime
    ) as next_time
  from [Order]
)

SELECT  OrderNumber,
        OrderDateTime
FROM Ordered
WHERE   DATEDIFF(MINUTE,OrderDateTime,next_time) <= 2  --this says if the next value is less than or equal to two minutes away return it
        OR DATEDIFF(MINUTE,prev_time,OrderDateTime) <= 2 --this says if the prev value is less than or equal to 2 minutes away return it

Resultados (lembre-se que adicionei uma linha):
OrderNumber          OrderDateTime
-------------------- -----------------------
1234                 2012-04-28 09:00:00.000
1234                 2012-04-28 09:01:00.000
1234                 2012-04-28 09:03:00.000
5678                 2012-04-28 09:40:00.000
5678                 2012-04-28 09:42:00.000
5678                 2012-04-28 09:44:00.000
91011                2012-04-28 10:25:00.000
91011                2012-04-28 10:27:00.000