Normalmente as junções funcionarão mais rápido que as consultas internas, mas na realidade isso dependerá do plano de execução gerado pelo SQL Server. Não importa como você escreve sua consulta, o SQL Server sempre a transformará em um plano de execução. Se for "inteligente" o suficiente para gerar o mesmo plano de ambas as consultas, você obterá o mesmo resultado.

Aqui e aqui alguns links para ajudar.