Execute a seguinte consulta:
SELECT 'UPDATE yourtable SET ' + name + ' = NULL WHERE ' + name + ' = '''';'
FROM syscolumns
WHERE id = object_id('yourtable')
AND isnullable = 1;
A saída desta consulta será um pedaço de script SQL como este:
UPDATE yourtable SET column1 = NULL WHERE column1 = '';
UPDATE yourtable SET column2 = NULL WHERE column2 = '';
UPDATE yourtable SET column3 = NULL WHERE column3 = '';
-- etc...
Copie e cole esse script SQL em uma nova consulta e execute-o para atualizar todas as suas colunas.