Dê uma olhada nas opções aqui em MSDN

Você pode iniciar o servidor e alterar o local do TEMPDB usando um comando ALTER por meio do SQLCMD.

Como alternativa, você pode apenas adicionar outra unidade temporariamente para que o caminho correto exista - o TempDB é recriado na inicialização, portanto, apenas garantir que o caminho esteja disponível deve ser suficiente. Você pode então mover os locais dos arquivos, se necessário, quando o servidor estiver em execução.