Seus deadlocks definitivamente podem estar relacionados à reconstrução dos índices. Também não há dúvida de que esses índices não precisam ser reconstruídos com tanta frequência. No mínimo, porém, você deve considerar o uso da opção ONLINE se puder evitar que o índice seja descartado antes de ser reconstruído.

Aqui está uma diretriz que usamos:

Fonte:http://blog.sqlauthority.com/2007/12/22/sql-server-difference-between-index-rebuild-and-index-reorganize-explained-with-t- script-sql/