...
NOT IN (SELECT email COLLATE SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS AS email FROM Customer)
O bit de agrupamento segue o nome da coluna, basicamente.
Ou isso (depende de qual você quer):
SELECT * FROM #temp WHERE email collate SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS NOT IN (SELECT email FROM Customer)
Finalmente, se seu banco de dados for SQL_Latin1_General_CP1_CI_AS, uma opção é usar
...COLLATE Database_Default... para forçar a uma configuração padrão. 
