Aqui estão os links que marquei sobre esse tópico, espero que possa ajudá-lo:

• Tutorial ODBC
• FreeTDS
• Strings de conexão
• Como configurar o ODBC - Este foi muito útil.

Foi há algum tempo, mas basicamente o que me lembro é:

Você precisa criar uma entrada para o driver MSSQL específico que você possui em um arquivo chamado /etc/odbcinst.ini . Então, para cada servidor MSSQL, você deve criar uma entrada (ou DSN ), globalmente em /etc/odbc.ini , ou local do usuário, em $HOME/.odbc.ini .

Alguns nomes que usei podem diferir (e não tenho acesso à minha caixa Linux agora para verificar), mas você teve a ideia geral.

Depois de fazer isso, isql -d deve se conectar com sucesso ao banco de dados. Nesse caso, usar a API C/Linux para ODBC deve ser muito fácil. Tutoriais fornecidos nos links fornecidos.