Sqlserver
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Combinando várias condições em uma instrução de caso único no Sql Server


Você pode colocar a condição após o WHEN cláusula, assim:
SELECT
  CASE
    WHEN PAT_ENT.SCR_DT is not null and PAT_ENTRY.ELIGIBILITY is null THEN 'Favor'
    WHEN PAT_ENT.SCR_DT is not null and PAT_ENTRY.EL = 'No' THEN 'Error'
    WHEN PAT_ENTRY.EL = 'Yes' and ISNULL(DS.DES, 'OFF') = 'OFF' THEN 'Active'
    WHEN DS.DES = 'N' THEN 'Early Term'
    WHEN DS.DES = 'Y' THEN 'Complete'
  END
FROM
  ....

Claro, pode-se argumentar que regras complexas como essa pertencem à sua camada de lógica de negócios, não a um procedimento armazenado no banco de dados...