Você poderia gerar os scripts do SSMS diretamente?
- Clique com o botão direito do mouse no banco de dados
- Selecionar tarefas -> Gerar scripts
- (Clique em próximo se você acessar a tela de introdução)
- Selecione "Selecionar objetos de banco de dados específicos"
- Escolha os objetos para gerar scripts para (tabelas, procedimentos armazenados, etc...)
- Clique em Avançar e especifique o nome do arquivo de saída
- Clique em Concluir para gerar o script
Isso gerará apenas os esquemas. Se você quiser fazer scripts de geração de dados também, na etapa 6) clique no botão Avançado e role para baixo até "Tipos de dados para script" e altere-o de "Somente esquema" para "Somente dados" ou "Esquema e dados"
Na sua situação, você pode fazer "Esquema e dados" para todas as suas pequenas tabelas de configuração e, em seguida, fazer "Somente esquema" para as tabelas grandes para as quais não deseja exportar os dados.
Eu sei que isso não é totalmente automatizado, mas é bem próximo. Se você quiser automatizar isso ainda mais, confira este tópico. Não tenho certeza se isso funciona no SQL 2005:
Como posso automatizar a tarefa "gerar scripts" no SQL Server Management Studio 2008?