Se eles estiverem no mesmo servidor, não há nenhum problema real em extrair de um banco de dados separado. Na verdade, você pode querer separá-los por boas razões. Por exemplo, se você tiver uma combinação de tabelas transacionais e tabelas de pesquisa importadas de arquivos. Os dados transacionais precisam de recuperação completa e backups de log transacionais frequentes para poder restaurar adequadamente, os dados de pesquisa não precisam e podem se beneficiar de estar em um banco de dados no modo de recuperação simples.

Temos muitos bancos de dados diferentes que nossos aplicativos usam e cruzamos bancos de dados em consultas o tempo todo. Desde que a indexação seja feita corretamente, não houve diferença de desempenho perceptível. O maior problema potencial é a integridade dos dados, pois você não pode configurar chaves estrangeiras nos bancos de dados. Isso pode ser tratado em gatilhos, se necessário.

Agora, quando os bancos de dados estão em servidores diferentes, pode haver um problema de desempenho e obter os dados é mais complicado.