Para facilitar a leitura, reestruturei a consulta... começando com o nível mais alto aparente sendo Table1, que se vincula a Table3 e, em seguida, table3 vincula a table2. Muito mais fácil de seguir se você seguir a cadeia de relacionamentos.
Agora respondendo à sua questão. Você está obtendo uma grande contagem como resultado de um produto cartesiano. Para cada registro na Tabela1 que corresponder na Tabela3 você terá X * Y. Então, para cada correspondência entre a tabela3 e a Tabela2 terá o mesmo impacto... Y * Z... Então seu resultado para apenas um ID possível na tabela 1 pode ter registros X * Y * Z.
Isso se baseia em não saber como está a normalização ou o conteúdo das suas tabelas... se a chave é uma chave PRIMARY ou não..
Ex:
Table 1
DiffKey Other Val
1 X
1 Y
1 Z
Table 3
DiffKey Key Key2 Tbl3 Other
1 2 6 V
1 2 6 X
1 2 6 Y
1 2 6 Z
Table 2
Key Key2 Other Val
2 6 a
2 6 b
2 6 c
2 6 d
2 6 e
Assim, a junção da Tabela 1 à Tabela 3 resultará (neste cenário) com 12 registros (cada um em 1 unido a cada um em 3). Então, tudo isso novamente vezes cada registro combinado na tabela 2 (5 registros)... total de 60 ( 3 tbl1 * 4 tbl3 * 5 tbl2 )count seria retornado.
Então, agora, pegue isso e expanda com base em seus milhares de registros e você verá como uma estrutura bagunçada pode sufocar uma vaca (por assim dizer) e matar o desempenho.
SELECT
COUNT(*)
FROM
Table1
INNER JOIN Table3
ON Table1.DifferentKey = Table3.DifferentKey
INNER JOIN Table2
ON Table3.Key =Table2.Key
AND Table3.Key2 = Table2.Key2
