Várias versões do SQL Server usando o Entity Framework em um único aplicativo ASP.NET

Consegui fazer isso colocando cada edmx em uma montagem separada. Em seguida, na string de conexão, substitua todos os res://*/... com res://NameOfAssembly/...

Posso até realizar junções entre os dois modelos de entidade (ao contrário das afirmações que encontrei em outras fontes), por exemplo:

var oneDb = new Entities2000();
var otherDb = new Entities2005();

var results = from one in oneDb.SomeSet
              join other in otherDb.OtherSet
                  on one.Property equals other.Property
              select new { 
                  SomeProp = one.SomeProp,
                  OtherProp = other.OtherProp 
              };