Como a Tabela2 tem uma chave primária composta
(FileID, FileType) , qualquer referência a ele também deve incluir ambas as colunas . ALTER TABLE dbo.Table1
ADD CONSTRAINT FK_Table1_Table2
FOREIGN KEY(FileID, FileType) REFERENCES Table2(FileID, FileType)
A menos que você tenha uma restrição/índice exclusivo no
Table2.FileID campo (mas se sim:por que não é este o PK?), você não pode criar um relacionamento FK apenas para partes do PK na tabela de destino - simplesmente não pode fazê-lo. 
