Como você executa o SQL?

O próprio SQL não tem tempo limite, então o que você descreve como um problema não é possível.

O tempo limite é sempre tratado no nível de conexão/aplicativo de conexão. O SQL Server fica feliz em ter chamadas SQL que duram horas ou dias.

Portanto, a menos que você faça algo "engraçado" / incomum, as consultas dentro do SP não expirarão - a conexão que chama o procedimento expirará e, portanto, reverterá a transação.