Recebi uma resposta clara da Microsoft aqui http://social.msdn.microsoft.com/Forums/en-US/ssdt/thread/c66c2296-c94e-4f21-993e-7d3090a596a5

O Visual Studio Express 2012 para Web não oferece suporte às novas ferramentas de dados do Sql Server. Para trabalhar com um projeto de banco de dados (convertendo do antigo dbproj ou criando um novo projeto do zero), você precisa usar o Visual Studio 2010 Shell. Os erros que recebi de Stored Procedures foram causados ​​porque os scripts sql não foram importados corretamente. O antigo dbproj tinha os scripts sql em pastas arbitrárias. A solução foi excluir todos os scripts sql do projeto que acabei de converter de um dbproj e reimportar os scripts sql. Quando você faz isso, o projeto os reconhece e não gera erros.