Causas Possíveis:

1) operações de exclusão em cascata

2) gatilho(s)

3) o tipo de sua coluna de chave primária é algo diferente de um inteiro, forçando assim uma conversão de tipo em cada valor de pk para fazer a comparação. isso requer uma varredura completa da tabela.

4) sua consulta realmente termina em um ponto como você postou na pergunta? em caso afirmativo, o número pode ser considerado um número de ponto flutuante em vez de um inteiro, causando assim uma conversão de tipo semelhante a 3)

5) sua consulta de exclusão está esperando por alguma outra consulta lenta para liberar um bloqueio